Это название в голову организаторов музыкальной группы пришло не сразу. В начале музыканты склонялись к такому варианту названия группы – «Али-Баба и сорок разбойников». В 1983 году звукорежиссер группы Андрей Макаров предложил название «Наутилус». В 1985 году группа уже сотрудничала с автором песен Ильей Кормильцем, он и предложил увеличить название группы до «Наутилус Пампилиус» во избежание неразберихи. Так как в то время существовало много групп с аналогичным названием в стране, поэтому решено было расширить название.
Ко второму выпущенному альбому, под названием «Невидимка» была приложена сопроводительная записка примерно с таким содержанием: «Название группы происходит от голожаберного моллюска, которого природа наградила красотой и обаятельностью». Альбом был выпущен в 1985 году, и записка свидетельствовала об окончательном принятии названия группы «Наутилус Пампилиус».